Contact_divergence

• Calcula divergencias en secuencia y estructura de proteínas homologas con estructuras conocidas. Dado un alineamiento multiple, para todos los pares de proteinas calcula la divergencia en secuencia de Tajima-Nei, la divergencia de contactos (Pascual-Garcia et al. 2010) y la divergencia del TM-score (Zhang and Skolnick 2005) -log(TM). Fichero de entrada: alineamiento multiple de secuancias en formato fasta con nombres de ficheros pdb como nombres de proteinas, opcionalmente seguidos por codigos de cadena (Ex: >1opd.pdb A). La primera linea indica el directorio de los ficheros PDB, PDBDIR= (default: current directory).
• Versión: 1.0
• Uso gratuito para fines educacionales y de investigación.
• Descargar:  Es necesario registrarse primero.
• Referencia: Pascual-García A, Abia D, Méndez R, Nido GS, Bastolla U. Proteins. 2010 78:181-96.