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Curso Verano UAH 2011 (20/06/2011)

Taller práctico de docking y cribado virtual:
uso de herramientas computacionales en el desarrollo de fármacos

  1. Bienvenida
  2. Con este taller pretendemos introduciros a (o completar vuestros conocimientos sobre) las técnicas computacionales de acoplamiento automatizado ligando-receptor (docking) más utilizadas y cómo se pueden extender al cribado masivo de colecciones de moléculas químicas virtuales (quimiotecas = chemical libraries). Estas dos metodologías se emplean ampliamente, tanto en el entorno académico como en el empresarial, con el fin de encontrar nuevas entidades moleculares (o fragmentos) con afinidad por una diana macromolecular de interés farmacológico. La identificación de posibles candidatos daría lugar a “cabezas de serie” (lead compounds) que posteriormente, en el caso de que las pruebas experimentales demuestren su validez, deben sufrir un proceso de optimización en el largo camino que les puede conducir a convertirse en nuevos fármacos. Las técnicas de docking han experimentado un auge sin precedente en los últimos años debido principalmente a la imparable demanda de nuevos fármacos, a la demostrada insuficiencia de las técnicas experimentales de generar o identificar tales fármacos por sí solas, a notables avances en los algoritmos computacionales utilizados y a la creciente velocidad de los procesadores disponibles en los ordenadores habitualmente utilizados por los investigadores.

    Trabajaremos con dianas de gran interés farmacológico (dihidrofolato reductasa, receptor humano de estrógenos, receptor 7TM de dopamina…) y analizaremos los resultados de 5 programas de uso común: DOCK, AutoDock, Glide, Surflex y VSDMIP. Tendremos una sesión especial donde compararemos los resultados y haremos un análisis crítico de la eficacia de estos programas. Para ello, dispondréis de tiempo suficiente para preparar una pequeña presentación (6-7 diapositivas) por programa, así como una breve comparativa.

    Para terminar, aquí debajo encontraréis información relevante sobre cómo llegar, dónde almorzamos, “cafeteamos”, cenamos…

  3. Cómo llegar
  4. Para llegar a la Facultad de Medicina de la Universidad de Alcalá, seguid el siguiente enlace que os proporcionará información detallada:

    http://www.uah.es/medicina/facultad/presentacion/present_ubicacion.shtm

    Una vez en la Facultad de Medicina, entrando por la puerta principal (enfrente del Hospital Príncipe de Asturias), atravesad el vestíbulo hasta la rotondita del distribuidor principal, girad a la derecha y tomad el pasillo a la izquierda que corresponde al Módulo 2 (Departamento de Farmacología). La tercera puerta a la izquierda es la entrada al aula informatizada donde se impartirá el curso.

  5. Acceso a Internet
  6. Todos los ordenadores están conectados a Internet. Si tenéis que consultar el correo o navegar por la web, por favor, hacedlo en los descansos y no durante las clases. Además, hay acceso inalámbrico a eduroam, por si queréis acceder desde vuestros propios portátiles.

  7. AutoDock
  8. Contamos entre el profesorado con el Dr. Garrett Morris, autor de AutoDock, uno de los programas de docking más utilizados y que explicaremos y utilizaremos en el taller. Tanto la parte teórica como experimental que realizaremos con AutoDock será explicada por el Dr. Morris en lengua inglesa.

  9. Cafetería de la Facultad de Medicina
  10. La cafetería de la Facultad de Medicina se encuentra al final del pasillo central de la Facultad, a mano izquierda según entráis. Será nuestro destino durante las pausas de café y el almuerzo.

  11. Cena del curso-taller
  12. La cena del curso-taller tendrá lugar el Martes 21 de Junio en el Hostal Restaurante Miguel de Cervantes, sito en la calle Imagen, nº 12, en Alcalá de Henares. Siguiendo este enlace encontraréis la manera de llegar:

    http://www.hcervantes.es/contactar/index.php

  13. Reunión social
  14. La “reunión social” tendrá lugar el Miércoles 22 de Junio y consistirá en tomar unas cervezas/refrescos junto con unas tapas en la famosa cervecería Indalo, en Alcalá de Henares. Aquí podremos intercambiar impresiones sobre el curso en un ambiente más distendido aunque también con más riqueza sonora. Siguiendo este enlace encontraréis información detallada sobre cómo llegar al sitio:

    http://www.cerveceriaindalo.com/localizanos.htm

  15. Material
    1. Programa: Descargar programa en PDF

    2. Paquetes:


    3. Dianas: Descargar información sobre las dianas en PDF

    4. Resultados:

    5. Presentaciones


    6. Bibliografía y Guías

  16. Foto del curso


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