- Language: Español English

Programas sobre evolución de estructuras de proteínas

Indice del Software

Evol_divergence

Calcula divergencias en secuencia y estructura de proteínas homologas con estructuras conocidas y las correspondientes violaciones del reloj molecular respecto a todos los posibles elementos externos al grupo.
Dado un alineamiento multiple, para todos los pares de proteinas calcula la divergencia en secuencia de Tajima-Nei, la divergencia de contactos (Pascual-Garcia et al. 2010) y la divergencia del TM-score (Zhang and Skolnick 2005) -log(TM).
Fichero de entrada: alineamiento multiple de secuancias en formato fasta con nombres de ficheros pdb como nombres de proteinas, opcionalmente seguidos por codigos de cadena (Ex: >1opd.pdb A). La primera linea indica el directorio de los ficheros PDB, PDBDIR= (default: current directory).
Ficheros de salida: Para cada par de proteínas, imprime las tres divergencias evolutivas (opcionalmente similitudes) y las violaciones del reloj molecular con su significancia.
  • Versión: 1.0
  • Licencia Uso gratuito para fines educacionales y de investigación.
  • DescargarEs necesario registrarse primero.
  • Referencias:
  • Pascual-García A, Arenas M, Bastolla U. The molecular clock in the evolution of protein structures. Mol Biol Evol, submitted (2017). [PDF]

    A. Pascual-Garcia; D. Abia; R. Méndez; G.S. Nido and U. Bastolla Quantifying the evolutionary divergence of protein structures: The role of function change and function conservation. Proteins. 2010 78:181-96 . [Pubmed]

    Web design: Alfonso Núñez Salgado