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Antigua línea: Diseño racional de fármacos

La línea de investigación sobre diseño de fármacos basado en estructuras fue iniciada por Ángel Ramirez Ortíz cuando estaba en el laboratorio del Prof. Federico Gago en la Universidad de Alcalá de Henares. Después de la perdida de Ángel, esta línea ha sido dirigida por el Dr. Antonio Morreale, un investigador con una gran experiencia en el campo, hasta que Antonio dejó el grupo a comienzos de 2013. Esta línea ya no es activa, pero los programas que ha generado están disponibles, aunque ya no están mantenidos. Entre estos programas se encuentra una plataforma computacional integrada para llevar a cabo experimentos de Cribado Virtual masivo (VS), que permite extraer de una gran base de datos de moléculas pequeñas de los candidatos más prometedores para poder interactuar con una proteína de interés clínico. Esta plataforma informática VSDMIP (Gestión de Datos de Cribado Virtual integrado en una única plataforma) ha demostrado ser una herramienta útil para el desarrollo de nuevos fármacos, dando lugar a varias patentes en colaboración con grupos experimentales.

Otra área de la química medicinal que era de interés del grupo dirigido por Ángel Ramirez Ortíz y posteriormente por Antonio Morreale era la 3D-QSAR (3-Dimensional Quantitative Structure-Activity Relationships). En este sentido, el grupo ha desarrollado gCOMBINE, una interfaz gráfica de usuario escrita en Java (GUI) para realizar análisis de comparativas de energía de enlace (COMBINE - COMparative BINding Energy) de un conjunto de complejos ligando-receptor que permite predecir QSAR, con el objetivo de comprender la base molecular de especificidad del ligando del receptor de afinidades de unión y orientar nuevas modificaciones moleculares que mejoren la afinidad de unión y/o selectividad.

Publicaciones sobre diseño de fármacos:

Más relevantes:

  • Klett J, Núñez-Salgado A, Dos Santos HG, Cortés-Cabrera A, Perona A, Gil-Redondo R, Abia D, Gago F, Morreale A. MM-ISMSA: an ultra-fast and accurate scoring function for protein-protein docking. J. Chem. Theory Comput., 8, 3395-3408 (2012) [Pubmed]

  • Cortés Cabrera A, Klett J, Dos Santos HG, Perona A, Gil-Redondo R, Francis SM, Priego EM, Gago F, Morreale A. CRDOCK: An Ultrafast Multipurpose Protein−Ligand Docking Tool. J. Chem. Inf. Model., 52, 2300-20309 (2012)[Pubmed]

  • Cortés-Cabrera A, Gil-Redondo R, Perona A, Gago F, Morreale A. VSDMIP 1.5: an automated structure- and ligand-based virtual screening platform with a PyMOL graphical user interface. J. Comput.-Aided Mol. Design, 25, 813-824 (2011) [Pubmed]

  • Gil-Redondo R, Klett J, Gago F, Morreale A. gCOMBINE: A graphical user interface to perform structure-based comparative binding energy (COMBINE) analysis on a set of ligand-receptor complexes. Proteins. 2010 Jan;78(1):162-72. [Pubmed]

  • Morreale, A.; Gil-Redondo, R.; Ortiz, A.R. A new implicit solvent model for protein-ligand docking. Proteins 2007 May, 67: 606-16. [Pubmed] [PDF] [Material suplementario]

  • Murcia, M.; Morreale, A.; Ortiz, A.R. Comparative Binding Energy Analysis Considering Multiple Receptors: A Step toward 3D-QSAR Models for Multiple Targets. J.Med.Chem. 2006 Oct 19; 49 (21): 6241-53. [Pubmed] [PDF] [Material suplementario]

  • Todas las publicaciones sobre plegamiento y estabilidad de proteínas

    Programas sobre diseño de fármacos

    Indice del Software

    VSDMIP

    VSDMIP es una plataforma para el cribado virtural de quimiotecas, integrada en una base de datos relacional MySQL.

    • Versión : 1.0
    • Licencia : La plataforma se distribuye gratuitamente para uso académico y de investigación, bajo petición a los authores.
    • Contactar con : Antonio Morreale (antonio.morreale@repsol.com)
    • Acceso : Aquí
    • Referencia :
      1. Gil-Redondo R, Estrada J, Morreale A, Herranz F, Sancho J, Ortíz AR. VSDMIP: Virtual Screening Data Management on an Integrated Platform J. Comput.-Aided Mol. Design, 23, 171-184 (2009);
      2. Cortés-Cabrera A, Gil-Redondo R, Perona A, Gago F, Morreale A. VSDMIP 1.5: an automated structure- and ligand-based virtual screening platform with a PyMOL graphical user interface. J. Comput.-Aided Mol. Design, 25, 813-824 (2011)[Pubmed]

    CRDOCK

    CRDOCK is a protein-ligand docking program similar to Glide, DOCK or Autodock. It uses a hybrid scoring function based on GlideScore(tm) using a molecular mechanics energy function (AMBER-like) and the ChemScore function to score interactions. The docking program is particularly well suited to generate molecular models of ligand-receptor complexes for further use in COMBINE analysis.

    • Versión : 0.8
    • Acceso : Aquí.
    • Contactar con : Antonio Morreale(antonio.morreale@repsol.com)
    • Referencia : Cabrera, A.C.; Klett, J.; Dos Santos, H. G.; Perona, A.; Gil-Redondo, R.; Francis, S. M.; Priegos, E. M.; Gago, F.; Morreale, A.; CRDOCK: An Ultrafast Multipurpose Protein–Ligand Docking Tool (2012) J. Chem. Inf. Model., 52, 2300-20309 (2012)[Pubmed]

    MM-ISMSA

    A Scoring Function for Protein-Protein and Protein-Ligand Docking and Molecular Dynamics.

    • Versión : 0.8
    • Acceso : Aquí.
    • Contactar con : ub@cbm.uam.es
    • Referencia :
      1. Klett J, Núñez-Salgado A, Dos Santos HG, Cortés-Cabrera A, Perona A, Gil-Redondo R, Abia D, Gago F, Morreale A. MM-ISMSA: an ultra-fast and accurate scoring function for protein-protein docking. J. Chem. Theory Comput., 8, 3395-3408 (2012) [Pubmed]

      2. Morreale, A.; Gil-Redondo, R.; Ortiz, A.R. A new implicit solvent model for protein-ligand docking. Proteins 2007 May, 67: 606-16.

    gCOMBINE

    A graphical user interface to perform structure-based comparative binding energy (COMBINE) analysis on a set of ligand-receptor complexes.

    • Versión : 1.2
    • Acceso : Aquí.
    • Contactar con : ub@cbm.uam.es
    • Referencia :
      1. A graphical user interface to perform structure-based comparative binding energy (COMBINE) analysis on a set of ligand-receptor complexes. Gil-Redondo R,Klett J, Gago F, Morreale A. Proteins 2010; 78(1):162-72
      2. Prediction of drug binding affinities by comparative binding energy analysis. Ortiz AR, Pisabarro MT, Gago F, Wade RC. J Med Chem 1995; 38:2681-91.
      3. Comparative binding energy analysis of HIV-1 protease inhibitors: incorporation of solvent effects and validation as a powerful tool in receptor-based drug design. Perez C, Pastor M, Ortiz AR, Gago F. J Med Chem. 1998:41(6):836-52

    cGRILL: a simple affinity map generator

    cGRILL calculates 4 affinity maps: lipophilic (CH3), hydrogen bond acceptor (=O), hydrogen bond donor (NH4+) and mixed hydrogen bond donor-acceptor (OH). It implements AMBER force field van der Waals and electrostatic terms and a custom hydrogen bond. The code is not pretty but it is licensed under GPL v3.

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